Juaristi ocupó la cátedra de Filología Española en la Universidad del País Vasco, la Rey Juan Carlos I en la New York University, y ha sido profesor titular de la Cátedra de Pensamiento Contemporáneo de la Fundación Cañada Blanch en la Universidad de Valencia. También ha trabajado como docente e investigador en Austin (Estados Unidos) y en el Colegio de México en 1985 y 1986. Dirigió la Biblioteca Nacional de España (1999-2001), cargo que abandonó para dirigir el Instituto Cervantes (2001-2004) hasta su relevo, tras el triunfo socialista del 14 de marzo de 2004.

Desde 2005, es catedrático de Literatura Española en la Universidad de Alcalá de Henares. El 8 de enero de 2009 fue nombrado director general de Universidades e Investigación de la Consejería de Educación de la Comunidad Autónoma de Madrid, cargo del que fue cesado el 1 de agosto de 2013, por un acuerdo del Consejo de Gobierno de dicha comunidad autónoma,​ finalizando así una etapa de cuatro años y medio, al mismo tiempo que pasó el relevo a Rocío Albert.

La labor de investigación de Jon Juaristi abarca diversos campos: formación histórica de las identidades colectivas, historia literaria, literatura de tradición oral, etc.

 

Capítulos publicados en esta editorial:

Juaristi, J. (2010). La mesa de Salomón. En Izquierdo Benito, R. y Macías, U. La mesa puesta: leyes, costumbres y recetas judías, (pp. 13-26). Cuenca: Ediciones de la Universidad de Castilla-La Mancha.